1934年，江苏省立医政学院在镇江北固山麓建立。

因抗战形势，1937年11月，学校西迁。

因抗战形势，1937年11月，学校西迁，1938年，更名为国立江苏医学院，经两湖、再贵阳，终在重庆北碚复校。

1946年9月，学校从重庆北碚迁回镇江原址复校。1949年4月，镇江解放，学校更名江苏医学院。

1957年，江苏医学院由镇江迁址南京办学，同年更名为南京医学院。

1970年，学校与南京中医学院合并成为江苏新医学院。

1978年，江苏新医学院原南京医学院部分改建为（恢复）南京医学院，其主体后来发展成为南京医科大学。

1993年12月3日，原国家教委正式批准学校更名为南京医科大学。

2003年，南京医科大学江宁校区正式启用。

2015年9月21日，江苏省人民政府、原国家卫生计生委、教育部联合发文，决定共建南京医科大学，学校正式列入部委省共建高校，同年11月，学校召开部委省共建动员大会。

2017年，南京医科大学入选江苏高水平大学建设行列。图为学校召开学科建设暨江苏高水平大学建设工作推进会。

2021年，南京医科大学入选江苏高水平大学建设高峰计划（A类）。

2022年，南京医科大学入选国家“双一流”建设高校、公共卫生与预防医学入选“双一流”建设学科。

2022年，南京医科大学入选教育部高水平公共卫生学院建设高校。